洗礼堂内部は、色も、描かれたものの表現力も素晴らしい、丸天井部の中世のモザイク画によって、よりその芸術的価値が引き立てられています。

中でも、巨大な、栄光のキリストのモザイク画にまず目を引かれます。おそらく、洗礼堂で，チマブエや、ジョット以前の他のフィレンツェ出身の芸術家たちと働いていた1200年代の画家、コッポ・ディ・マルコヴァルドの作品でしょう。また、ドナテッロとミケロッツォ作の、1419年に亡くなった牧師、バルダッサーレ・コッシャ、後の、対立教皇ジョヴァンニ２３世の墓と、これもまたドナテッロによって彫られたマッダレーナの彫像が目を引きます。