Die Sakristei ist ein großer quadratischer Raum in gotischem Stil, der oben von einem breiten Kreuzbogengewölbe abgeschlossen ist; sie ist mit großartigen Fresken geschmückt, die zwischen 1387 und 1390 vom Maler Spinello Aretino ausgeführt wurden, der hier ein gutes Beispiel für seinen von Giotto beeinflussten Stil gibt.

Ein weiter, durchgearbeiteter Aufbau vereinigt erzählerische Leichtigkeit und lebendigen Farbsinn.
Auf den Fresken wird das Leben des Hl. Benedikt geschildert. Man gehe aus der Basilika heraus und werfe einen Blick auf den Glockenturm, der zu Beginn des 16. Jhs. von Baccio D'Agiolo ausgeführt wurde und auf dem Michelangelo zur Zeit der Belagerung durch die kaiserlichen Truppen im Jahre 1530 zwei Kanonen aufstellte, die den Angreifern schweren Schaden zufügten.
Michelangelo verstärkte den Turm im unteren Teil mit einem Erdhügel und schützte dessen Mauern mit Matratzen, die den Aufschlag der feindlichen Kanonenkugeln dämpften.