La iglesia fue renovada y ampliada con el unido Convento en los años 40 de 1400, por voluntad de Cosimo el Viejo de’ Medici, que aquí gastó con profusión 40.000 florines de oro de “non bono acquisto”, como el mismo precisó, osea ganados en manera no muy honrada.

La iglesia y el convento de S.Marco son un sagrario de la Órden dominicana, porque el convento brinda hospitalidad al museo del grande pintor que pertenece a esta órden religiosa Giovanni da Fiesole, más conocido como el Beato Angelico y porque aquí desarrolló su actividad de predicador y reformador moral y político Girolamo Savonarola. La iglesia actual, renovada al final de 500 y luego en 600, cuando fue edificada la fachada, guarda al interior a la izquierda, antes del altar mayor, una capilla proyectada por Giambologna, de S.Antonino, domínico, arzobispo de Florencia.