Il se trouve dans le couvent, dans une suggestive séries de locaux du XV° siècle, dus à l'œuvre de Michelozzo di Bartolomeo, l'architecte préféré de Cosme le Vieux de Médicis.

Le musée est un véritable sanctuaire de l'art pictural de Beato Angelico qui durant son séjour en ce lieu, peint à fresques de nombreuses cellules. On a réuni ici d'autres œuvres lui appartenant et provenant d'églises et institutions religieuses florentines. En particulier la grandiose et touchante crucifixion à l'intérieur de la salle capitulaire est de grande valeur.
Parmi les pièces du premier étage, outre les cellules peintes par Angelico et à l'appartement du prieur, qui fut habité par Savonarole, la salle à trois nefs de la Bibliothèque , considérée le chef-d'œuvre de Michelozzo, avec le Palais Médicis, est d'un très grand intérêt architectural et historique. C'est ici que fut arrêté en1498 Girolamo Savonarola.