È situato in via della Colonna nei locali del palazzo della Crocetta, austera residenza granducale elevata nel 1620 per Maria Maddalena d'Austria, moglie di Cosimo II de' Medici.

Il Museo istituito nel 1870 e qui sistemato ed ordinato dieci anni dopo, è un'importante raccolta di materiale etrusco-romano, proveniente dalla antica Etruria. Oltre a una considerevole raccolta di coppe e di vasi greci, vi spiccano alcuni capolavori bronzei d'arte etrusca e greca.