A los lados de la Tribuna de S.Croce hay las capillas Bardi y Peruzzi pintadas en fresco por Giotto. La Capilla Bardi, enseguida a la derecha de la tribuna, muestra las historias de S. Francisco.

Éstas están precedidas por la escena que representa el estigmas, pintada sobre la cabecera de la Capilla misma. Al interior, otras historias del Santo de Asís son admirables por la intensidad expresiva, en particular, las escenas que representan a la aparición en el Capítulo de Arles y la muerte de S. Francisco, gracias también a la fuerza cromática. Estos frescos llevan la fecha alrededor de 1320.
Junto a la Capilla Bardi, siempre a la derecha, la Capilla Peruzzi, obra de Giotto alrededor de 1325. Aquí Giotto ha representado las historias de S.Juan Bautista, a la izquierda, y de S. Juan Evangelista, a la derecha. Estos frescos son notables por la relación de las figuras con el espacio y por la perspectiva armoniosa, visible ya en la Capilla Bardi, que se articula aquí en nuevas composiciones y en la vista de ángulo.
En la Capilla Bardi, al fondo, antes de la entrada en la sacristia, reluce, de Giotto, el hermoso políptico con fundal oro que representa la Encarnación de la Virgen.