Seitlich vom Presbyterium von S. Croce befinden sich die Bardi – und die Peruzzi-Kapelle, die von Giotto mit Fresken ausgemalt wurden. In der Bardi-Kapelle, rechts vom Presbyterium, sind Geschichten aus dem Leben des Hl. Franziskus dargestellt.

Vor diesen Fresken auf der Stirnwand der Kapelle befindet sich die Szene, auf der der Hl. Franziskus die Wunden Christi erhält. Die anderen Geschichten des Hl. von Assisi sind bemerkenswert wegen ihrer Ausdruckskraft und Farbgebung, vor allem die mit der Vorstellung vor dem Kapitel von Arles und der Tod des Franziskus. Diese Fresken können in die Zeit um 1320 datiert werden.
Rechts neben der Bardi-Kapelle befindet sich die Peruzzi-Kapelle, ein Werk des Giotto von etwa 1325. Hier hat Giotto links Geschichten aus dem Leben Joh. des Täufers dargestellt, rechts aus dem Leben Joh. des Evangelisten. Diese Fresken sind bemerkenswert wegen des Verhältnisses der Figuren zum Raum und wegen ihrer harmonischen Perspektive, die bereits bei der Bardi-Kapelle auffällt und die hier in neuen Kompositionen und der Eckansicht zum Ausdruck kommt.
In der Baroncelli-Kapelle hinten vor dem Eingang zur Sakristei befindet sich das schöne Polyptychon mit Goldgrund, auf dem die Marienkrönung dargestellt ist.