Aux côtés de la tribune de S. Croce il y a les chapelles Bardi et Peruzzi, peintes à fresques par Giotto. La chapelle Bardi, immédiatement à droite de la tribune, présente les histoires de Saint François.

Celles-ci sont précédées par la scène représentant les stigmates, peinte sur la tête de la chapelle elle-même. A l'intérieur les autres histoires du saint d'Assise sont admirables quant à l'intensité expressive, en particulier les scènes représentant l'apparition au Chapitre d'Arles et la mort de Saint François et aussi par la force chromatique. Ces fresques sont datables environ 1320.
A côté de la Chapelle Bardi, toujours à droite, la chapelle Peruzzi, œuvre de Giotto vers 1325. Ici, Giotto a représenté les histoires de Saint Jean Baptiste, à gauche, et de Saint Jean évangéliste, à droite. Ces fresques sont remarquables par la relation des figures avec l'espace et la perspective harmonieuse, déjà visible dans la chapelle Bardi, qui s'articule ici en nouvelles composition et dans la vue d'angle.
Dans la chapelle Baroncelli, au fond, avant l'entrée à la sacristie, resplendit le beau polyptique de Giotto sur fond or représentant le Couronnement de la Vierge.