Puesto en el amplio refectorio del Convento, el Museo, que sufrió considerables daños en la desastrosa aluvión de 1966, recoge obras de arte procedentes de la cercana Basílica.

Entre estas, además de la estatua de bronce de S. Ludovico de Tolosa, obra de Donatello, sobresale lo que queda del magnífico crucifijo sobre tabla pintado por Cimabue, alrededor de 1280. Esta obra, que desdichadamente ha sido la víctima más ilustre de la aluvión, se destaca por la intensa fuerza dramática y la delicadeza de sus colores.