Au bout de la nef principale, l'agile tribune de S.Croce est un grand filtre lumineux, mais aussi un lieu caractérisé par un heureux effet chromatique dû aux vitraux aussi bien qu'aux fresques.

Ces dernières sont une œuvre de Agnolo Gaddi de 1380 et représentent un thème particulièrement cher aux franciscains : la Légende de la Croix.
Ici tout rappelle donc le sacrifice de Jésus-Christ, et la planimétrie de l'église aussi est en forme de TAU, c'est-à-dire de croix. D'ailleurs Saint François, à cause des stigmates gravées sur son corps, était considéré comme une seconde figure du Christ.