Der gemütliche Innenraum des Baptisteriums ist sehr wertvoll wegen der mittelalterlichen Deckenmosaiken, die vor allem durch ihre Farbe und die Ausdruckskraft der Figuren bestechen und von einem übergroßen Christus beherrscht werden, vielleicht ein Werk des Malers Coppo di Marcovaldo aus dem 13. Jh., der hier mit Cimabue und anderen Florentiner Künstlern aus der Zeit vor Giotto zusammenarbeitete.

Zu sehen ist außerdem das Grab des Gegenpapstes Johannes XXIII – der Kardinal Baldassare Coscia, gestorben 1419, ein Werk von Donatello und Michelozzo und die beeindruckende Holzfigur der Magdalena, ebenfalls von Donatello.