Il raccolto interno del Battistero è impreziosito dai mosaici medievali della volta – splendidi per colore ed espressività delle figure – e dominati dal gigantesco Cristo in gloria, forse opera del pittore duecentesco Coppo di Marcovaldo, che qui lavorò con Cimabue ed altri artisti fiorentini precedenti a Giotto.

Vi si ammirano pure la tomba dell'antipapa Giovanni XXIII - il Cardinale Baldassarre Coscia, morto nel 1419 -, opera di Donatello e di Michelozzo e la suggestiva statua lignea della Maddalena, scolpita sempre da Donatello.