Entrando in duomo, ci lascia ammirati la grandiosità della spartizione interna e la vastità della cupola, sulla cui volta Giorgio Vasari e Federico Zuccari dipinsero, nel 1572-1579, il Giudizio Finale.

All'inizio della navata maggiore vi è l'entrata alla cripta e agli scavi di S.Reparata, l'antico duomo, che fu demolito soltanto nel 1375. È un luogo di alta suggestione per le memorie paleocristiane e altomedievali e le commoventi sepolture d'illustri uomini, quali Giovanni de'Medici – Gonfaloniere di Firenze- e il grande Filippo Brunelleschi.