Die Kirche und das zugehörige Kloster wurden in den 40er Jahren des 15. Jh. auf Wunsch Cosimos il Vecchio de'Medici erneuert und erweitert, der dafür 40.000 Goldflorine ausgab, die er nach seinen eigenen Worten unredlich erworben hatte.

Kirche und Kloster des Hl. Marcus sind dem Domenikanerorden heilig, denn hier befindet sich das Museum des großen Malers Giovanni da Fiesole, der diesem Orden angehörte und besser unter dem Namen Beato Angelico bekannt ist, und hier war der große Prediger, Moralreformer und Politiker Girolamo Savonarda tätig.
Die Kirche in ihrer derzeitigen Gestalt wurde am Ende des 16. Jhs. und dann im 18. Jh. erneuert, als auch die Fassade gebaut wurde; im Inneren befindet sich links vor dem Hauptaltar die prachtvolle Kapelle, die von Giambologna entworfen wurde und dem Dominikaner S. Antonini, einem Erzbischof von Florenz, geweiht ist.