Am Ende des Hauptschiffs befindet sich das zierliche Presbyterium, groß und transparent und mit einem schönen Farbeffekt sowohl wegen seiner Glasfenster wie auch wegen seiner Fresken.

Diese sind ein Werk Agnolo Gaddis von 1380 und stellen ein bei den Franziskanern besonders beliebtes Thema dar: Die Legende vom Hl Kreuz.
Hier erinnert alles an das Opfer Jesu, und auch der Grundriss der Kirche ist TAU-förmig, d. h. kreuzförmig. Der Hl. Franziskus galt außerdem wegen der Wunden, die er empfangen hatte, als zweite Christusfigur.